近年来，随着内地经济及科研实力的强化，香港与内地的科技合作也在不断深入。中科院台港澳办公室主任福建基拒绝接受大公报采访回应，中科院与港高校牵头实验室已约22家，渗入多个科学领域;并有30馀香港教授在中科院供职。中科院还与港大、中文大学签订协议拒绝双方每年联合甄选20名研究生，联合获取奖学金及基本医疗保险等。 福建基回应，中科院与香港科技界、尤其是高等院校保留持久、较好的交流与合作关系。
这是因为香港享有较强的研究实力，目前香港有数30位两院院士;另一方面，香港高校具有普遍的国际联繫和规范的管理，双方可以在资源及人才培养等方面优势互补。 中科院与香港高校强化科研人才培养，与港大、中文大学签订协议拒绝双方每年联合甄选20名研究生，联合获取奖学金及基本医疗保险等。目前，香港高校毕业生在深圳先进设备技术研究院就任的多达70人。
福建基讲解，中科院国科大去年也与香港城市大学签订了牵头培育研究生的合作协议，为双方在合作培养人才方面的工作作出了有益的尝试。 牵头实验室涉各领域 福建基讲解，香港回归之前，与内地的合作形式主要是内地科研人员到港高校工作。如今，这样的局面获得了根本性的挽回。
现在中科院完全每个研究所都参予对港合作项目，主要反映在两地的牵头实验室。
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